علی يونسی، وزير اطلاعات در دوره رياست جمهوری محمد خاتمی و دستيار ويژه حسن روحانی در امور اقوام و اقليت‌های دينی در گفت‌وگويی با روزنامه فرهيختگان به طور ضمنی فعال‌تر شدن دستگاه‌های اطلاعات موازی همزمان با آغاز به کار دولت حسن روحانی را تایيد کرده و گفته است: «موازی کاری برای امنيت ملی کشور خطرناک است.»
به گزارش رادیو فردا، در اين گفت‌وگو، علی يونسی «فعاليت‌های موازی اطلاعاتی» را «برای امنيت ملی ايران خطرناک» توصيف کرده و گفته است که حکايت فعاليت‌های موازی اطلاعاتی «مثل خلبانی است که امنيت هواپيما را عهده دار باشــد و از سوی دو برج مراقبت فرمان بگيرد در حالی که بايد نظارت از يک برج مراقبت باشد.»
علی يونسی با اشاره به وجود سازمان‌های نظامی و اطلاعاتی مختلف در جمهوری اسلامی گفته است که اين سازمان‌ها «در محدوده کار خودشان مطابق قانون اختيار دارند و اين مشمول همه سازمان‌های نظامی اطلاعاتی است، اما نبايد در کار وزارت اطلاعات دخالت کنند، و وزارت اطلاعات هم نبايد در کار آنها دخالت کند.»
دستيار حسن روحانی در عين حال تاکيد کرده است که «امنيت ملی خارج از محدوده‌های نظامــی و انتظامی صددرصد در اختيار وزارت اطلاعات است.»
روزنامه فرهيختگان همچنين از قول علی يونسی نوشته است: «محمود علوی وزير اطلاعات ریيس شورای هماهنگی سازمان های اطلاعاتی- امنيتی است، و اگر همه به قانون تن دهند، از موازی کاری جلوگيری می‌شود.»
وزير اطلاعات دوره رياست جمهوری محمد خاتمی همچنين «مهمترين مشکل» فعلی وزارت اطلاعات جمهوری اسلامی را «جلب اعتماد عمومی» عنوان کرده و گفته است: «وزارت اطلاعات فقط هدفش امنيت نظام نيست؛ بلکه مسئول امنيت مردم هم هست» و نبايد «هيچ استثنايی هم برای هيچ کس قائل شود و مسلمان و غيرمسلمان عضو هر حزب و گروه که باشد همين که ايرانی است وزارت اطلاعات بايد در تامين امنيت همه آنها مساوی عمل کند.»
علی يونسی درباره سه مطالبه اصلی رای دهندگان به حسن روحانی درباره «حل مشکل هسته‌ای، بهبود وضع اقتصادی و باز شدن فضای سياسی اجتماعی و به طور مشخص رفع مساله محصورين» گفته است: «هر سه مورد به طور نسبی محقق شده است؛در خصوص روند پيگيری مساله هسته‌ای در مدت ۱۰۰ روز دولت توانست وضع گذشته را متوقف کند و ديوار سخت تحريم را ترک بيندازد و شرايط را تغيير دهد. در حوزه اقتصادی اميد ايجاد شده و نرخ تورم رو به تنزل است و در زمينه کسب و کار هم شرايط بهتر شده است، و همچنين در حوزه فضای باز سياسی اجتماعی هم اين اتفاق به طور نسبی افتاده است.»
دستيار ر‌يس جمهوری اسلامی تاکيد کرده است که اقدامات دولت يازدهم درباره هر سه مطالبه اصلی رای دهندگان به حسن روحانی «عملياتی شده و کامل‌تر هم می‌شود»، و برای نمونه درباره باز شدن فضای سياسی اجتماعی به روزنامه فرهيختگان گفته است: «قبلا اسامی برخی از آقايان شاخص اصلاح طلب را نمی‌توانستيد ببريد.»
در پاسخ به پرسش مرجان طباطبايی خبرنگار روزنامه فرهيختگان درباره اينکه چرا هنوز «آزادی زندانيان سياسی و رفع حصر صورت نگرفته است»، علی يونسی گفته است: «عجله می‌کنيد. فضا هنوز به آن اطمينان نرسيده است و اين مساله تابع جو کلان است. يعنی بايد فضای جامعه به گونه‌ای باشــد که هيچ کس احساس نگرانی نکند. نه حکومت و نه دولت احساس نگرانی نکنند، و گذشت زمان اين را ثابت می‌کند، و به هر حال مراحل باز شدن فضای اجتماعی سياسی زمان می‌برد.»
دستيار حسن روحانی و وزير اطلاعات دوره رياست جمهوری محمد خاتمی با اشاره به به مقاومت بخش‌هايی از حکومت در مقابل گشايش فضای سياسی-اجتماعی گفته است: «هر چند عده‌ای به شدت برای تحقق اين امر مقاومت می‌کنند که وضع را به گذشته برگردانند، اما اين امر برگشت ناپذير است، ممکن است شتاب آن را کند کنند اما امکان توقف کامل آن ممکن نيست. چون اصل حاکميت آن را نمی‌خواهد، مردم هم آن را نمی‌خواهند.»